水鳥與鳳凰--建立分子結構的好夥伴

0317061 林俊廷

前言

大家好，我來自結構生物學實驗室，利用結構生物學我們得到生物聚分子的真實型態，藉以分析其生理功用以及物理化學性質。這次要介紹我們常用來做晶體結構解析的程式，我將著重在Coot跟Phenix的基本操作。這些程式其實在Windows系統下也有版本為什麼

程式簡介

1.CCP4
CCP4是Collaborative Computational Project Number 4的縮寫，是在1979年，由一群英國結構生物學家，集結結構解析軟體組成的套件，同時建立了一系列檔案格式，包含.MTZ、.PDB等等。至今包含約175個程序，能處理大部份結構解析的流程，主要內容有Visual molecular dynamics.Coot.MOE.UCSF Chimera...等等
2.Coot
Coot(Crystallographic Objest-Oriented Toolkit)用3D的分子結構和點子密度圖，讓我們檢視以及對分子進行操作。
3.Phenix
Phenix(Python-based Heirarchical ENvironment forIntegrated Xtallography)由美國英國數個重要大學及國家實驗室團隊人員組成小組，歷時數年開發，是一個高度自動化的大分子結構測定套件，能做初步建構模型(autobuild)、分析結構與電子密度圖的品質(validation)、進行優化(refine)，讓我們建立出最佳的分子結構。
4.PyMOL(Python-based MOLecular)一樣是由Python為基礎的軟體，用來觀看分子結構，已經開發甚廣，有多種觀看模式，還能製作動畫、創造物件等許多功能。